ไก่แดนใต้ สโมสรฟุตบอลสุราษฎร์ธานี เริ่มก่อตั้งสโมสรเมื่อปี พ.ศ. 2542 พร้อมๆ กับหลายสโมสรในแต่ละจังหวัดของประเทศไทย จุดประสงค์เพื่อพัฒนาคุณภาพ และระบบกีฬาฟุตบอลไทย เพื่อให้ก้าวไปสู่ระบบความเป็นสโมสรในรูปแบบอาชีพที่กระจายอยู่ทั่วประเทศ และได้จัดระบบลีกขึ้นมารองรับการแข่งขันในระบบ เหย้า-เยือน ในนาม "โปรวินเชี่ยล ลีก" ดูแลการแข่งขันโดยสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ซึ่งจะมีการแข่งขันไปพร้อมๆ กับลีกที่จัดแข่งขันมาตั้งแต่ดั้งเดิมภายในประเทศ และส่วนใหญ่เป็นทีมที่มีการแข่งขันกันในกรุงเทพมหานคร

สโมสรฟุตบอลสุราษฎร์ธานี เป็นส่วนหนึ่งของโปรวินเชี่ยนลีก และมีการพัฒนาเพื่อที่จะให้เป็นสโมสรในรูปแบบอาชีพ ในช่วงของการแข่งขันอยู่ในโปรวินเชี่ยลลีก สโมสรนั้นยังมีการพัฒนาการไม่มากนัก และต้องอยู่ในอันดับท้ายๆอยู่เสมอ แต่หลังจากที่ได้ร่วมการแข่งขันใน นามลีกที่ชื่อว่า "โปรเฟสชั่นนอล ลีก" ในพ.ศ. 2549 ซึ่งมีการกีฬาแห่งประเทศไทย เป็นผู้จัดการแข่งขันหลัก สโมสรก็ได้มุ่งมั้นที่จะพัฒนาให้สโมสรแข็งแกร่งมากขึ้น โดยการปรับรูปแบบการบริหารให้เหมือนกับสโมสรฟุตบอลอาชีพมากขึ้น จึงทำให้สโมสรตัดสินใจ จ้างนักเตะต่างชาติมาร่วมทีมเป็นครั้งแรก นอกจากนี้สโมสรก็ได้ส่งผู้ฝึกสอนที่มีอยู่ไปอบรมในระดับต่างๆอย่างต่อเนื่อง