วัวชนแดนใต้ สโมสรสงขลา เอฟซี ถือกำเนิดในปี พ.ศ. 2542 ในปีแรกของการก่อตั้งฟุตบอลโปรวินเชียลลีก จากนั้นก็เล่นวนเวียนอยู่ในโปรลีกเป็นส่วนใหญ่ จนได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็น สงขลา เลเกอร์ส (โดยการแต่งตั้งโดย กกท.) และนับเป็นทีมที่สองทีมาจากภาคใต้ต่อจากสุราษฎร์ธานี เอฟซีที่ก้าวขึ้นมาสร้างชื่อเสียงให้กึกก้องในวงการลูกหนังเมืองไทย

ในปี 2552 ผลงานในช่วงแรกของเหล่า "วัวชนแดนใต้" สงขลา เอฟซี กับการแข่งในระดับดิวิชั่น 1 นั้นไม่ได้เป็นรองทีมอื่นๆ แต่อย่างใด กับฟอร์มการเล่นที่โดดเด่นด้วยความแกร่งของเกมในบ้านที่มักจะหวังผลเก็บแต้ม ได้อย่างต่อเนื่องไม่ 1 ก็ 3 แต้มต้องมีแน่กับการเปิดบ้านรับมือคู่แข่งบวกกับแรงเชียร์ของผู้เล่นคนที่ 12 กลุ่มวัวชนบางกอก ที่ส่วนใหญ่จะเป็นชาวสงขลา แต่มาอาศัยอยู่ในเมืองกรุง ต่างก็เข้ามาให้กำลังใจทีมรักเมื่อยามต้องยกพลบุกมาเยือนคู่แข่งที่กรุงเทพฯ และจังหวัดใกล้เคียง ทำให้พวกเขาได้สมหวังกับการสร้างฝันในลีกอาชีพ