นกเงือกพิฆาต สโมสรฟุตบอลจังหวัดปราจีนบุรี ก่อตั้งเมื่อปีพ.ศ. 2548 โดยก่อนหน้าการก่อตั้งสโมสร เคยใช้ชื่อทีม สโมสรศิษย์เก่าปราจีนราษฎรบำรุง ส่งแข่งขัน ถ้วยพระราชทานประเถท ง ปี 2543 ต่อมาก็ได้เลื่อนชั้นขึ้น มาเรื่อย ๆ โดยผู้ก่อตั้งสโมสรรุ่นแรก ก็ คือ โค้ชต๋อย ส.อ.ประภาร นาคพงษ์

เมื่อวันที่ 7 มี.ค. 2553 ณ โรงแรมโซเฟีย เวลา 13.00 น. ได้มีการแถลงข่าวเปิดตัวสโมสรปราจีนบุรี เอฟซี อย่างเป็นทางการ โดยงานนี้ได้รับความสนใจจากสื่อมวลชนหลายแขนง ทั้งจากส่วนกลางและท้องถิ่น รวมถึงผู้สนับสนุนทีมต่างให้เกียรติมาร่วมงานอย่างคึกคัก ซึ่ง "โค้ชต๋อย" ประภาร นาคพงษ์ กุนซือใหญ่ของทีมเปิดเผยถึงงบประมาณในการทำทีมปีนี้ว่า น่าจะอยู่ที่ไม่ต่ำกว่า 20 ล้านบาท แน่นอน และมีเป้าหมายในการขึ้นสู่ไทยลีก ให้ได้สถานเดียว

ผลงาน
ปี 2550 ดิวิชั่น 2 อันดับ 3
ปี 2551 ดิวิชั่น 2 อันดับ 1 ชนะเลิศ (แชมป์)
ปี 2552 ดิวิชั่น 1 อันดับ 5